O governo da FREEAGAIN é assegurado pelos seguintes órgãos sociais:
- Assembleia Geral, como órgão deliberativo.
- Conselho de Fundadores, como órgão de supervisão.
- Administração, como órgão de administração.
- Conselho Fiscal, como órgão fiscalizador.
São titulares de cargos dos órgãos sociais (2018-2023):
Mesa da Assembleia Geral
Presidente: Paulo Alexandra Ferreira da Silva Pires
Vice-presidente: Afonso Pereira Melro Sebastião
Secretário: Ana João Henriques do Carmo
Conselho de Fundadores
Presidente: Nuno Pinto Teixeira
Secretário: Afonso Melro Sebastião
Administração
Presidente: Salomé Sebastião
Vice-presidente: Nuno Pinto Teixeira
Secretário e Tesoureiro: Afonso Melro Sebastião
Conselho Fiscal
Presidente: Rodrigo Pereira Melro Sebastião
Vice-presidente: Artur Jorge de Almeida
Secretário: Ana João Henriques do Carmo